Número variable de repeticiones en tándem

Número variable de repeticiones en tándem
Variaciones de la longitud del alelo VNTR en seis individuos.

En Genética molecular, el número variable de repeticiones en tándem (del inglés Variable Number of Tandem Repeats y más conocidas por el acrónimo VNTR) o minisatélites, son repeticiones de secuencias de 9 a 100 pares de bases que se utilizan como marcador molecular. El número de repeticiones es variable pero en general es menor a 1000.

Detección

La detección de los VNTR se puede realizar por hibridación del ADN o por técnicas de PCR. En el primer caso, el ADN genómico es digerido con enzimas de restricción que reconocen sitios adyacentes a la región repetida. Los fragmentos se separan por electroforesis, se inmovilizan en una membrana y se detectan mediante sondas al igual que los marcadores RFLPs. La longitud de los fragmentos de restricción producidos en diferentes individuos varía de acuerdo al número de repeticiones del minisatélite. La diferencia básica entre RFLP y VNTR reside en el tipo de sonda utilizada. En la técnica de VNTR las sondas están constituidas por secuencias homólogas a las secuencias repetidas de los minisatélites, por lo tanto todos los loci hipervariables del genoma son detectados simultáneamente, mientras que en los RFLP, las sondas son homólogas a secuencias únicas del genoma, por lo que se detectan uno o pocos loci cada vez. De esta manera, en el autorradiograma no se obtiene un patrón simple de bandas como en el caso de los RFLP, sino un perfil complejo de bandas múltiples.

Los minisatélites también pueden ser detectados mediante la amplificación por PCR de los segmentos del genoma que contienen diferente número de repeticiones, utilizando para ello iniciadores o "primers" que flanqueen los VNTR. Luego de la amplificación del ADN, los fragmentos se visualizan mediante electroforesis y tinción con bromuro de etidio o técnicas análogas. Esta opción se ha vuelto más frecuente con el aumento de información de secuencias en bases de datos que permiten el diseño de iniciadores flanqueantes de minisatélites.

Ventajas y desventajas

Como marcador molecular los VNTR tienen la ventaja de ser marcadores multipunto, es decir, que además de explorar el polimorfismo en la longitud de los fragmentos de restricción en cada locus hipervariable, utilizan también el polimorfismo en el número y distribución de estos loci a lo largo del genoma, posibilitando así la visualización simultánea de diversas regiones del mismo. Las limitaciones para esta técnica, son las mismas que presentan los RFLP.

Referencias


Wikimedia foundation. 2010.

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