Sonda de hibridación

Una Sonda de hibridación en Biología Molecular es un fragmento de ADN o ARN de longitud variable (normalmente 100-1000 bases), que se utiliza en el ADN o ARN de muestras para detectar la presencia de nucleótidos secuencias (la meta de ADN) que son complementarios a la secuencia de la sonda. La sonda de lo que se hibrida es una sola cadena de ácidos nucleicos (DNA o RNA) cuya secuencia de bases permite que la sonda objetivo complete los pares de bases, debido a la complementariedad entre la sonda y el objetivo de ING. La sonda marcada es la primera desnaturalizada (por calentamiento intenso o bajo condiciones alcalinas tales como la exposición a la hidróxido de sodio) en el ADN de cadena sencilla (ssDNA) y luego hibridizada al ssDNA (Southern blot) o al ARN (northern blot) inmovilizado en una membrana o in situ.^[1]

Para detectar la hibridación de la sonda a su secuencia diana, la sonda se marca (o etiqueta) con un marcador molecular de moléculas fluorescentes o radiactivos o (más recientemente), los marcadores utilizados son . P ₃₂ (un isótopo radioactivo de fósforo incorporado en el enlace fosfodiéster en el ADN de la sonda) o digoxigenina, que no es basado en anticuerpos radiactivos marcador. Secuencias de ADN o ARN transcritos que han de moderada a alta similitud de secuencia de la sonda son detectados mediante la visualización de la sonda hibridada por autorradiografía o otras técnicas de imagen. Normalmente, ya sea imágenes de rayos X se toman del filtro o el filtro se coloca bajo luz ultravioleta. Detección de las secuencias con similitud moderada o alta depende de la estricta las condiciones de hibridación fueron aplicadas - de alto rigor, tales como la temperatura de hibridación de alta y baja en sal en los tampones de hibridación, sólo permite la hibridación entre ácido nucleico secuencias que son muy similares, mientras que baja severidad, como la reducción de la temperatura y la sal, la hibridación permite que las secuencias son menos similar. Sondas de hibridación de ADN utilizado en microarreglos s se refieren a ADN covalentemente a una superficie inerte, como láminas de vidrio recubiertos o chips de genes, y que es un blanco móvil de ADNc hibridado.

Dependiendo del método que se use la sonda puede sintetizada utilizando el método de fosforamidita o generados y etiquetados mediante amplificación por PCR y la clonación (los métodos más antiguos). Con el fin de aumentar la estabilidad in vivo de la sonda de ARN no se utiliza, en lugar de ARN análogos]] se puede utilizar, en particular, morfolino. Molecular del ADN o sondas de ARN basados ​​son ahora rutinariamente utilizados en las bibliotecas de genes de selección, la detección de secuencias de nucleótidos con los métodos de borrar, y en las tecnologías de otros genes, como los microarrays.

Algunos tipos de sondas

Sondas Scorpion®

Sondas Molecular Beacon

Sondas TaqMan®

Sondas LNA® (Locked Nucleic Acid)

Cycling Probe Technology (CPT)

Uso en la ciencia forense

En la ciencia forense, sondas de hibridación se utilizan, por ejemplo, para la detección de repeticiones en tándem cortas ( microsatélites) y en las regiones RFLP, todos los cuales son ampliamente utilizados como parte para el [ [análisis de ADN] El análisis].

^[2]

Referencias

1. ↑ Southern, Edwin Mellor (5 de noviembre de 1975). «Detection of specific sequences among DNA fragments separated by gel electrophoresis». Journal of Molecular Biology 98 (3):  pp. 503–517. doi:10.1016/S0022-2836(75)80083-0. ISSN 0022-2836. PMID 1195397. 
2. ↑ Desmond S. T. Nicholl. (2008) (en inglés). Genetic Engineering (3ra edición). Cambridge.