BioPerl

BioPerl

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BioPerl
bioperl.org
Información general
Lanzamiento inicial	11 de junio de 2002
Última versión estable	1.6.0 25 de enero de 2009; hace 9 meses
Última versión en pruebas	Nightly builds
Género	Bioinformática
Escrito en	Perl
Sistema operativo	Multiplataforma
Licencia	Licencia artísitica y GPL

BioPerl es una colección de módulos de Perl que facilitan el desarrollo de scripts en Perl para aplicaciones de bioinformática.^[1] Ha desempeñado un papel integral en el Proyecto Genoma Humano.^[2]

Se trata de un activo proyecto de software libre apoyado por la Open Bioinformatics Foundation.

La primera versión estable fue lanzada el 11 de junio de 2002; la última estable (en términos de la API) es la 1.6.0, lanzada en enero de 2009. También hay lanzamientos periódicos producidos por desarrolladores. La versión 1.6.0 es considerada la más estable (en términos de errores) y la versión de BioPerl se recomienda para el uso diario, se basa en Nightly Builds, también estable.

Con el fin de aprovechar BioPerl, el usuario necesita una comprensión básica del lenguaje de programación Perl que incluya una comprensión de cómo Perl utiliza las referencias, módulos, objetos y métodos.

Características

BioPerl provee de módulos de software para muchas tareas típicas de programación en bioinformática. Estas incluyen:

• Acceso a datos a secuencias de ADN y de aminoácidos de bases de datos locales y remotas.
• Transformación de formatos de bases de datos y archivos de registro.
• Manipulación de secuencias individuales.
• Búsqueda de secuencias similares.
• Creación y manipulación de alineamientos de secuencias.
• Búsqueda de genes y otras estructuras del ADN genómico.
• Desarrollo de anotaciones de secuencia legibles por máquina.

Uso

Además de ser usado directamente por usuarios finales,^[3] BioPerl también ha provisto de una base para una variedad de herramientas bioninformáticas, incluyendo entre otras:

• SynBrowse^[4]
• GeneComber^[5]
• TFBS^[6]
• MIMOX^[7]
• BioParser^[8]
• Diseño de cebadores degenerados^[9]
• Búsqueda en bases de datos públicas^[10]
• Current Comparative Table^[11]

Nuevas herramientas y algoritmos de desarrolladores externos son con frecuencia integrados directamente en BioPerl:

• Manejo de árboles filogenéticos y taxones anidados^[12]
• Herramientas web FPC^[13]

Referencias

1. ↑ Stajich J, Block D, Boulez K, Brenner S, Chervitz S, Dagdigian C, Fuellen G, Gilbert J, Korf I, Lapp H, Lehväslaiho H, Matsalla C, Mungall C, Osborne B, Pocock M, Schattner P, Senger M, Stein L, Stupka E, Wilkinson M, Birney E (2002). «The Bioperl toolkit: Perl modules for the life sciences» Genome Res. Vol. 12. n.º 10. pp. 1611–8. DOI 10.1101/gr.361602. PMID 12368254.
2. ↑ Lincoln D. Stein (1996). «How Perl saved the Human Genome Project» The Perl Journal. Vol. 1. n.º 2.
3. ↑ Khaja R, MacDonald J, Zhang J, Scherer S «Methods for identifying and mapping recent segmental and gene duplications in eukaryotic genomes» Methods Mol Biol. Vol. 338. pp. 9–20. PMID 16888347.
4. ↑ Pan X, Stein L, Brendel V (2005). «SynBrowse: a synteny browser for comparative sequence analysis» Bioinformatics. Vol. 21. n.º 17. pp. 3461–8. DOI 10.1093/bioinformatics/bti555. PMID 15994196.
5. ↑ Shah S, McVicker G, Mackworth A, Rogic S, Ouellette B (2003). «GeneComber: combining outputs of gene prediction programs for improved results» Bioinformatics. Vol. 19. n.º 10. pp. 1296–7. DOI 10.1093/bioinformatics/btg139. PMID 12835277.
6. ↑ Lenhard B, Wasserman W (2002). «TFBS: Computational framework for transcription factor binding site analysis» Bioinformatics. Vol. 18. n.º 8. pp. 1135–6. DOI 10.1093/bioinformatics/18.8.1135. PMID 12176838.
7. ↑ Huang J, Gutteridge A, Honda W, Kanehisa M (2006). «MIMOX: a web tool for phage display based epitope mapping» BMC Bioinformatics. Vol. 7. pp. 451. DOI 10.1186/1471-2105-7-451. PMID 17038191.
8. ↑ Catanho M, Mascarenhas D, Degrave W, de Miranda A (2006). «BioParser: a tool for processing of sequence similarity analysis reports» Appl Bioinformatics. Vol. 5. n.º 1. pp. 49–53. DOI 10.2165/00822942-200605010-00007. PMID 16539538.
9. ↑ Wei X, Kuhn D, Narasimhan G «Degenerate primer design via clustering» Proc IEEE Comput Soc Bioinform Conf. Vol. 2. pp. 75–83. PMID 16452781.
10. ↑ Croce O, Lamarre M, Christen R (2006). «Querying the public databases for sequences using complex keywords contained in the feature lines» BMC Bioinformatics. Vol. 7. pp. 45. DOI 10.1186/1471-2105-7-45. PMID 16441875.
11. ↑ Landsteiner B, Olson M, Rutherford R (2005). «Current Comparative Table (CCT) automates customized searches of dynamic biological databases» Nucleic Acids Res. Vol. 33. n.º Web Server issue. pp. W770–3. DOI 10.1093/nar/gki432. PMID 15980582.
12. ↑ Llabrés M, Rocha J, Rosselló F, Valiente G (2006). «On the ancestral compatibility of two phylogenetic trees with nested taxa» J Math Biol. Vol. 53. n.º 3. pp. 340–64. DOI 10.1007/s00285-006-0011-4. PMID 16823581.
13. ↑ Pampanwar V, Engler F, Hatfield J, Blundy S, Gupta G, Soderlund C (2005). «FPC Web tools for rice, maize, and distribution» Plant Physiol. Vol. 138. n.º 1. pp. 116–26. DOI 10.1104/pp.104.056291. PMID 15888684.

Enlaces externos

• BioPerl.org
• Tutorial de uso de BioPerl
• Documentación para el uso de BioPerl

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